剑桥晶体结构数据库(CSD, 有机、金属有机物)
 题名[中]: 剑桥晶体结构数据库(CSD, 有机、金属有机物)
 题名[英]: Cambridge Structural Database (CSD)
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简介[中]: 剑桥结构数据库CSDS (Cambridge Structural Database System)是由剑桥晶体数据中心(CCDC Cambridge Crystallographic Data Centre) 发展的基于X光和中子衍射 实验唯一的小分子及金属有机分子晶体的结构数据库。 CSDS基本上包括已发表的所有原子个数(包括氢原子)在500以内的有机及 金属有机化合物晶体数据,并对收集的数据进行严格评审。随着PDB和NDB (Nucleic Acid Database)快速发展,CSDS不再包括低核苷酸的数据,但增加 了高分子的数据。 CSDS包括功能完整的应用软件,不仅具有数十种查询化合物的方法,还提 供了分子结构信息统计方法和三维图像演示方法,以帮助研究人员寻找、观 察、分析和总结有关的化合物信息。CSDS软件分为基本软件系统和图形软件 系统。 CCDC目前提供的剑桥晶体结构数据系统CSDS包括:
1. CSD: CSDS的核心,目前CSD收集了约47.5万分子结构,并以每年 9%的速度进行增长。随着实验方法的进步,新装入数据的质量越来越高, 超过91%的数据拥有小于0.05的R值。 2. ConQuest: 用于从剑桥结构数据库搜索和提取结构信息的基础软件。该 软件提供在剑桥结构数据库中全方位的文字与数字查询,同时还具有更高 级的搜索功能:
o 化学亚结构的搜索
o 几何结构的搜索
o 分子间和分子内相互关系的搜索
对于所查询的每个三维化学亚结构,ConQuest 可帮助用户定义,提取和输出与之对应的一系列几何参数,并直接与Mercury相链接以显示选中的结构,或者与Vista 链接以分析和显示所提取的几何数据。
3. PreQuest: 可方便用户构建自己专用的晶体结构数据库,然后可对该数据库用ConQuest 独立或与CSD相结合进行搜索。
4. VISTA: 是一个互动的分析与统计软件,可阅读用户自定义的几何数据和其它通过ConQuest从CSD中提取的数字信息。
5. Mercury: 提供了一整套丰富的软件工具用于显示及比较晶体与分子结构,从而探索分子网络与晶胞堆积。
6. Mogul: 可迅速地从CSD中几百万个各类化学键长,键角和非环扭转角数据中提取信息以便快捷地显示分子的几何结构。应用范围包括验证新的晶体结构,发现新的几何特性, 查证通过计算而得到的构象(如过滤筛选蛋白质-配体嵌合模拟的结果以便去除不可能的配体构象),及建立配体库以用于蛋白质晶体结构的精调。
7. IsoStar: 对收集在CSD和PDB实验数据库中的非键相互作用的几何参数信息进行快速访问。

CSDS每年有三次数据更新,用户可以从CCDC 的网页上下载新的数据:
http://sbwz.safe53.net/products/csd_system/conquest/csd_updates/
CCDC每年年底发布新版本的CSDS。

CSDS操作平台:Windows/UNIX/LINUX/Mac OX。

备注: 国内欲使用CCDC的用户,请联系

联系人:徐俊波
地址:北京市海淀区中关村北二条一号,中国科学院过程工程研究所,100190
电话:(8610)82612330
E-MAIL: jbxu@home.ipe.ac.cn
E-mail: hwen@ns.icm.ac.cn

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